สรรพคุณประโยชน์มะระจีน ใช้เป็นยา ใบมีรสขม ต้มดื่ม แก้ไข้หวัด ไข้ตัวร้อน บำรุงน้ำดี ดับพิษฝีที่ร้อน และแก้ปากเปื่อย ลูกมีรสขม แก้ตับม้ามพิการ บำรุงน้ำดี ขับพยาธิ ในท้อง แก้ลมเข้าข้อ และแก้ปวดบวมตามเข่า

ส่วนที่ใช้ประโยชน์ของมะระจีน คือ ยอดอ่อน ผลอ่อน ใบ ราก และเถา ซึ่งแต่ละส่วนจะให้สรรพคุณแตกต่างกัน
ผล ผลมะระจีนมีสรรพคุณใช้แก้ตับ ม้ามพิการ บำรุงน้ำดี แก้ลมเข้าข้อ และลดการปวดบวมที่เข่า แก้โรคเบาหวาน มีฤทธิ์ลดน้ำตาลในเลือด โดยใช้เนื้อมะระตากแห้งชงน้ำดื่ม หรือผสมกับชาอื่นๆได้ หรือนำผลมาปั่นแล้วกรองเอาน้ำออกมาดื่ม ลดน้ำตาลในเลือดได้ดี เพราะช่วยกระตุ้นการหลั่งของสารอินซูลิน สามารถต้านเชื้อไวรัสและมะเร็งได้ ใช้ทาภายนอก แก้ผิวหนังแห้ง ลดอาการระคายเคือง และอักเสบ
ราก รากมะระจีนมีสรรพคุณในการฝาดสมาน ใช้รักษาโรคริดสีดวงทวารหนัก แก้บิด ต้มดื่มแก้ไข้ (รากมะระขี้นกก็ใช้ได้เช่นเดียวกันกับรากมะระจีน)
เถา เถามะระจีนมีสรรพคุณใช้ดับพิษร้อน แก้บิด
ผลสุก ผลสุกของมะระจีนมีซาโปนิน ไม่ควรรับประทานเพราะจะทำให้คลื่นไส้อาเจียน
เมล็ด เมล็ดมะระจีนมีรสขม ขับพยาธิตัวกลม

คุณค่าทางโภชนาการ ผลมะระ มีแคลเซียม มีธาตุ ฟอสฟอรัส และวิตามินบี 1,2 วิตามิน ซี